enero 31, 2013

Bloques completos aleatorizados (BCA) en R


# Tabla 2.5 Rendimiento de grano de arroz variedad IR8 con seis diferentes niveles de siembra, usando diseño de BCA con cuatro repeticiones

# Cargando datos 
semilla = read.csv("C:/Users/Administrator/Desktop/Table 2.5 - datos.csv", header = T)

# Mostrando contenido de "Table 2.5-datos"
semilla
   trt    rep rend
1   25   RepI 5113
2   25  RepII 5398
3   25 RepIII 5307
4   25  RepIV 4678
5   50   RepI 5346
6   50  RepII 5952
7   50 RepIII 4719
8   50  RepIV 4264
9   75   RepI 5272
10  75  RepII 5713
11  75 RepIII 5483
12  75  RepIV 4749
13 100   RepI 5164
14 100  RepII 4831
15 100 RepIII 4986
16 100  RepIV 4410
17 125   RepI 4804
18 125  RepII 4848
19 125 RepIII 4432
20 125  RepIV 4748
21 150   RepI 5254
22 150  RepII 4542
23 150 RepIII 4919
24 150  RepIV 4098
str(semilla)
'data.frame':   24 obs. of  3 variables:
 $ trt : int  25 25 25 25 50 50 50 50 75 75 ...
 $ rep : Factor w/ 4 levels "RepI","RepII",..: 1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 ...
 $ rend: int  5113 5398 5307 4678 5346 5952 4719 4264 5272 5713 ...

# Convirtiendo "trt" en variables categóricas
semilla$trt = factor(semilla$trt)

# Reorganizando tabla (no necesario)
attach(semilla)
xtabs(rend ~ trt + rep)
     rep
trt   RepI RepII RepIII RepIV
  25  5113  5398   5307  4678
  50  5346  5952   4719  4264
  75  5272  5713   5483  4749
  100 5164  4831   4986  4410
  125 4804  4848   4432  4748
  150 5254  4542   4919  4098

# Gráfico
with (semilla, interaction.plot(rep, trt, rend))
plot of chunk unnamed-chunk-1

# Análisis de varianza (completo)
anova(lm(rend ~ rep + trt))
Analysis of Variance Table

Response: rend
          Df  Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)   
rep        3 1944361  648120    5.86 0.0074 **
trt        5 1198331  239666    2.17 0.1128   
Residuals 15 1658376  110558                  
---
Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1

# Análisis de varianza (sin bloques)
anova(lm(rend ~ trt))
Analysis of Variance Table

Response: rend
          Df  Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
trt        5 1198331  239666     1.2   0.35
Residuals 18 3602737  200152               

# Diagnosticos del modelo
plot(lm(rend ~ rep + trt))
plot of chunk unnamed-chunk-1 plot of chunk unnamed-chunk-1 plot of chunk unnamed-chunk-1 plot of chunk unnamed-chunk-1




Fuente: Paginas 22 – 30; Statistical Procedures for Agricultural Research. 1984. Gómez, K.A.; Gómez, A.A. Segunda Edición; IRRI—John Wiley & Sons





enero 30, 2013

Análisis de varianza para bloques completos aleatorizados (BCA)

Tabla 2.5 Rendimiento de grano de arroz variedad IR8 con seis diferentes niveles de siembra, usando diseño de BCA con cuatro repeticiones.

Tratamiento, kg semilla/ha
Rendimiento Grano, kg/ha
Tratamiento Total (T)
Tratamiento Media
RepI
RepII
RepIII
RepIV
25
5,113
5,398
5,307
4,678
20,521
5,124
50
5,346
5,952
4,719
4,264
20,331
5,070
75
5,272
5,713
5,483
4,749
21,292
5,304
100
5,164
4,831
4,986
4,410
19,491
4,848
125
4,804
4,848
4,432
4,748
18,957
4,708
150
5,254
4,542
4,919
4,098
18,963
4,703
Rep total (R)
30,953
31,284
29,846
26,947
Grand total (G)
119,030
Grand media





4,960


data semilla;
input trt rep $ rend comma8.;
label
trt  = 'tatamiento kg semilla/ha'
rep  = 'repetition'
rend = 'rendimiento arroz kg/ha';
cards;
25     RepI   5,113
25     RepII  5,398
25     RepIII 5,307
25     RepIV  4,678
50     RepI   5,346
50     RepII  5,952
50     RepIII 4,719
50     RepIV  4,264
75     RepI   5,272
75     RepII  5,713
75     RepIII 5,483
75     RepIV  4,749
100    RepI   5,164
100    RepII  4,831
100    RepIII 4,986
100    RepIV  4,410
125    RepI   4,804
125    RepII  4,848
125    RepIII 4,432
125    RepIV  4,748
150    RepI   5,254
150    RepII  4,542
150    RepIII 4,919
150    RepIV  4,098

ods html;
proc print;
run;

proc means sum mean std stderr;
   class trt;
run;

proc means sum mean std stderr;
   class rep;
   var rend;
run;

proc anova;
   class trt rep;
   model rend = trt rep/;
run;quit;
ods html close;



Fuente: Paginas 22 – 30; Statistical Procedures for Agricultural Research. 1984. Gómez, K.A.; Gómez, A.A. Segunda Edición; IRRI—John Wiley & Sons



enero 29, 2013

agridat y agricolae


La página cran.r-project.org contiene más de 4,000 paquetes para R. ¿Cómo saber cuál usar? ¡Difícil! De los muchos paquetes que verán en sus especialidades, si realizan experimentos con animales o plantas, les recomiendo agridat y agrícolae.

Agricolae fue desarrollado en la Universidad Nacional Agraria La Molina para diseños experimentales, especialmente para analizar experimentos agrícolas y mejoramiento genético. Por otra parte, agridat es una base de datos seleccionada de libros y artículos científico publicados sobre agricultura, incluye además análisis.


enero 28, 2013

Valores ajustados y residuos en regresión simple (R)


## Tabla 2.2 Valores ajustados y residuos de los 15 primeros directores generales
## Detalles en página 39 en Introducción a la Econometría: Un Enfoque Moderno. 2009. 
## Wooldridge, J. M. Segunda edición en español. pp. 39 

# cargando archivo "tabla2.2 - salario.csv" a R
ceosal1 = read.csv("C:/Users/Administrator/Desktop/tabla2.2 - salario.csv", header = T)

# ejecutando regression simple
modelo = lm(ceosal1$salary ~ ceosal1$roe)
summary(modelo)

Call:
lm(formula = ceosal1$salary ~ ceosal1$roe)

Residuals:
   Min     1Q Median     3Q    Max 
 -1160   -526   -254    139  13500 

Coefficients:
            Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
(Intercept)    963.2      213.2    4.52  1.1e-05 ***
ceosal1$roe     18.5       11.1    1.66    0.098 .  
---
Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1

Residual standard error: 1370 on 207 degrees of freedom
Multiple R-squared:  0.0132,    Adjusted R-squared:  0.00842 
F-statistic: 2.77 on 1 and 207 DF,  p-value: 0.0978

# valores ajustados "salaryhat""
salaryhat <- fitted(modelo)

# residuos "uhat"
uhat <- residuals(modelo)

# fusionando columnas
# Tabla 2.2 Valores ajustados y residuos de los 15 primeros directores generales
table2.2 <- cbind(ceosal1, salaryhat, uhat)
table2.2
     roe salary salaryhat       uhat
1   14.1   1095    1224.1  -129.0581
2   10.9   1001    1164.9  -163.8543
3   23.5   1122    1398.0  -275.9692
4    5.9    578    1072.3  -494.3483
5   13.8   1368    1218.5   149.4923
6   20.0   1145    1333.2  -188.2151
7   16.4   1078    1266.6  -188.6108
8   16.3   1094    1264.8  -170.7607
9   10.5   1237    1157.5    79.5462
10  26.3    833    1449.8  -616.7725
11  25.9    567    1442.4  -875.3721
12  26.8    933    1459.0  -526.0231
13  14.8   1339    1237.0   101.9911
14  22.3    937    1375.8  -438.7678
15  56.3   2011    2004.8     6.1919
16  12.6   1585    1196.3   388.6937
17  20.4    905    1340.6  -435.6155
18   1.9   1058     998.3    59.6564
19  19.9    922    1331.4  -409.3649
20  15.4   1220    1248.1   -28.1096
21  38.7   1022    1679.2  -657.1873
22  16.4    759    1266.6  -507.6108
23  24.4   1414    1414.6    -0.6203
24  15.6   1041    1251.8  -210.8098
25  14.4   1688    1229.6   458.3916
26  19.0   2983    1314.7  1668.2861
27  16.1   1160    1261.1  -101.0604
28  12.1   3844    1187.1  2656.9443
29  16.2    476    1262.9  -786.9106
30  18.4   1492    1303.6   188.3868
31  14.2   1024    1225.9  -201.9082
32  14.9   1593    1238.9   354.1410
33  12.4    427    1192.6  -765.6060
34  17.1    829    1279.6  -450.5616
35  16.9    797    1275.9  -478.8614
36  18.1    577    1298.1  -721.0628
37  10.9   1342    1164.9   177.1457
38  19.3   1774    1320.3   453.7358
39  18.3    709    1301.8  -592.7630
40  18.4    860    1303.6  -443.6132
41  13.8   1336    1218.5   117.4923
42  13.7    516    1216.7  -700.6576
43  12.7    931    1198.2  -267.1564
44  15.1    815    1242.6  -427.5592
45  16.5   1681    1268.5   412.5391
46  10.2    568    1151.9  -583.9034
47  19.6    775    1325.8  -550.8146
48  12.8   1188    1200.0   -12.0065
49  15.9    782    1257.4  -475.3602
50  17.3   1170    1283.3  -113.2619
51   8.5   1469    1120.5   348.5486
52  16.4    916    1266.6  -350.6108
53  19.5   1070    1324.0  -253.9645
54  19.2    894    1318.4  -424.4141
55  15.9    829    1257.4  -428.3602
56  19.9    780    1331.4  -551.3649
57  28.1   2327    1483.1   843.9253
58  25.0    717    1425.7  -708.7210
59  15.0   1368    1240.7   127.2909
60  12.6   2028    1196.3   831.6937
61  20.3   1195    1338.8  -143.7654
62  22.7    256    1383.2 -1127.1683
63  14.8    775    1237.0  -462.0089
64  13.2   1407    1207.4   199.5930
65  10.3    543    1153.8  -610.7536
66  17.7    874    1290.7  -416.6623
67  10.0   1287    1148.2   138.7968
68  15.6   1248    1251.8    -3.8098
69   6.8    875    1089.0  -213.9994
70  12.4    925    1192.6  -267.6060
71  13.1    798    1205.6  -407.5569
72  15.8    760    1255.5  -495.5101
73  12.8    600    1200.0  -600.0065
74  15.3    991    1246.3  -255.2595
75   0.5   1570     972.4   597.5581
76  16.5    911    1268.5  -357.4609
77  15.1   1360    1242.6   117.4408
78  13.0    700    1203.7  -503.7068
79  11.1    741    1168.6  -427.5545
80   8.9   1097    1127.9   -30.8519
81  17.5    953    1287.0  -333.9621
82  15.9    441    1257.4  -816.3602
83  14.2    595    1225.9  -630.9082
84   9.3   1067    1135.3   -68.2524
85   9.5   1298    1139.0   159.0474
86  15.5   1798    1250.0   548.0403
87  14.4   4143    1229.6  2913.3916
88  11.1   1336    1168.6   167.4455
89  15.9   1750    1257.4   492.6398
90  16.4    912    1266.6  -354.6108
91   8.6   1892    1122.3   769.6985
92  24.6    833    1418.3  -585.3205
93  15.4   1142    1248.1  -106.1096
94  16.9   1159    1275.9  -116.8614
95   7.2   1283    1096.4   186.6001
96  11.6   2109    1177.8   931.1949
97  26.4   1039    1451.6  -412.6227
98  21.4    992    1359.1  -367.1167
99  19.2   1253    1318.4   -65.4141
100 15.1    721    1242.6  -521.5592
101  9.0   1351    1129.7   221.2980
102  9.4   1391    1137.1   253.8975
103 19.0   1245    1314.7   -69.7139
104  3.5   1550    1027.9   522.0545
105 22.1   2150    1372.1   777.9324
106 10.9   1846    1164.9   681.1457
107 15.1    573    1242.6  -669.5592
108 10.2   6640    1151.9  5488.0966
109 17.3    959    1283.3  -324.2619
110 33.3    612    1579.3  -967.2808
111 22.8   1820    1385.0   434.9816
112 11.1   1411    1168.6   242.4455
113 12.4   1026    1192.6  -166.6060
114 20.9   1287    1349.9   -62.8661
115  6.7    800    1087.1  -287.1493
116  7.1   1115    1094.5    20.4502
117 11.8   1631    1181.5   449.4947
118 14.0   1910    1222.2   687.7921
119 10.1    996    1150.1  -154.0533
120  6.4    918    1081.6  -163.5989
121 12.4   1261    1192.6    68.3940
122 17.6   1053    1288.8  -235.8122
123 15.1   1221    1242.6   -21.5592
124 23.6   1738    1399.8   338.1807
125 35.7   3142    1623.7  1518.3163
126 23.2   1900    1392.4   507.5811
127 12.4    427    1192.6  -765.6060
128 44.4   1700    1784.6   -84.6440
129  2.1    360    1002.0  -642.0438
130 18.4    459    1303.6  -844.6132
131 16.1   1340    1261.1    78.9396
132 15.1    729    1242.6  -513.5592
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145 22.3   1344    1375.8   -31.7678
146 35.1   1585    1612.6   -27.5830
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149 19.4   1620    1322.1   297.8856
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152 26.8   1231    1459.0  -228.0231
153 15.7    770    1253.7  -483.6600
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